El 13 de junio del 2023, uno de sus fundadores, el ambientalista y defensor del agua Álvaro Arvizu Aguiñaga fue víctima de un ataque a golpes y con un hacha, dentro del propio centro que codirigió y en el que trabajó hasta su muerte. Otros de sus compañeros que se encontraban en el lugar, también fueron agredidos. La violencia alcanzó a Tlalmanalco, el municipio donde se ubica el Centli, espacio vinculado a la Universidad Autónoma Metropolitana (UAM), una de las instituciones de educación superior más importantes en la Ciudad de México.