En 2016 el Seguro Popular pagó 137 millones de pesos a hospitales federales e institutos nacionales de salud, los cuales atendieron 12 mil 542 casos de sus afiliados, y como parte de la estrategia de portabilidad de servicios de salud. En este esquema también participan los institutos Mexicano del Seguro Social (IMSS) y de Seguridad y Servicios Sociales de los Trabajadores del Estado (Issste).
De acuerdo con el Informe de resultados 2016, del Sistema de Protección Social en Salud, los organismos de seguridad social no recibieron pacientes del Seguro Popular durante ese año. Al menos, no figuran en el listado de las erogaciones que se hicieron entre enero y noviembre.