El Poder Judicial concluyó que había fallas de forma y fondo en el caso, así como en la pretensión de que se llevará en el penal de Almoloya. Sugirió a la FGR que, ante un eventual nuevo intento, lo realice en otros juzgados.
Un juez federal rechazó en dos ocasiones la petición de la FGR de detener a 31 académicos denunciados por el Conacyt bajo el argumento de que la acusación presentada carecía, desde el principio, de pruebas y argumentos que acreditaran de forma coherente la existencia de un supuesto entramado delictivo, ni que justificaran la necesidad de encarcelarlos en un penal de máxima seguridad.
A ello se sumó posteriormente el hecho de que, desde el punto de vista del juez federal Gregorio Salazar Hernández, tampoco hay de origen ningún delito.
