En 2014, por realizar cobros que excedieron al precio pactado por sus servicios, Oceanografía fue inhabilitada por la Secretaría de la Función Pública (SFP) para trabajar para el Gobierno mexicano durante un año, nueve meses y 12 días.
Además, fue tomada por el Servicio de Administración y Enajenación de Bienes (SAEB) debido a un fraude comprobado por 400 millones de dólares en contra de Banamex Citigroup. La naviera fundada en 1967 con más contratos con Petróleos Mexicanos (Pemex) le debía también al Instituto Mexicano del Seguro Social y al Instituto del Fondo Nacional de la Vivienda para los Trabajadores (Infonavit).