En su último año, el gobierno de Javier Duarte retuvo a los trabajadores 1,400 millones de pesos que correspondían al Impuesto Sobre la Renta y al Sistema de Ahorro para el Retiro. Los recursos nunca fueron transferidos al Servicio de Administración Tributaria (SAT), ni al Instituto Mexicano del Seguro Social y su paradero es desconocido, concluyó la Auditoría Superior de la Federación.
Este año se realizaron nuevas auditorías a la administración de Duarte, con motivo del análisis de la Cuenta Pública de 2016.