Organizaciones de la sociedad civil alertaron que los violaciones a los derechos humanos aumentaron con la militarización de las labores de seguridad al interior del país y lamentaron que las administraciones federales y locales dejaron de lado el fortalecimiento de las instituciones civiles en la materia.
En el sexenio de Vicente Fox Quesada se presentaron mil 135 quejas ante la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH) contra las fuerzas armadas y se emitieron 11 recomendaciones. En 10 años que abarcan el sexenio de Felipe Calderón Hinojosa y los primeros cuatro de Enrique Peña Nieto – años de la llamada guerra contra el narcotráfico- ya se presentaron más de 10 mil 751 quejas y emitido 146 recomendaciones.