La construcción y operación del Tren Maya ocasionaría al menos 19 ecocidios en la Península de Yucatán, provocados sobre todo por la urbanización y los proyectos inmobiliarios, alertaron expertos con base en un estudio del Fondo Nacional de Fomento al Turismo (Fonatur) consultado por El Universal.
Los lugares más afectados por los polos de desarrollo del Tren Maya serían la Reserva de la Biósfera de Calakmul y Escárcega, en Campeche; Palenque, Chiapas; y Mérida, Yucatán.