La Auditoría Superior de la Federación (ASF) determinó que las proyecciones para justificar la construcción de la refinería de Dos Bocas no coinciden dentro de las dependencias del gobierno federal, lo cual puede deberse a una sobreestimación de su utilidad, lo que llevaría al Estado mexicano a perder dinero.
Pemex Transformación Industrial estableció que la refinería operará al 90 por ciento de su capacidad, pero la Secretaría de Energía indicó que se utilizaría al 78.5 por ciento y las refinerías que ya existen en el país trabajan al 36.4 por ciento de su capacidad.