Ebrard contrató en la SRE a dos personas clave en el caso de presunta corrupción de la Línea 12 del Metro: Juan Carlos Mercado Sánchez, exsubdirector general de Administración del STC, y José Antonio Domínguez Carballo, exauditor general del GDF y quien encabezara la defensa legal de Marcelo, cuando fue investigado por el gobierno de Mancera. Ahora, el primero opera todas las contrataciones de la Secretaría, y el segundo encabeza la Unidad de Administración y Finanzas
En la Secretaría de Relaciones Exteriores (SRE), Marcelo Ebrard Casaubón contrató a dos personas clave en el caso de presunta corrupción de la Línea 12 del Sistema de Transporte Colectivo Metro (que el pasado 3 de mayo sufriera el colapso de una trabe, causando un accidente en el que perdieron la vida 25 personas y otras 79 resultaron gravemente heridas), y los colocó en áreas estratégicas donde se opera el millonario presupuesto de la dependencia federal.