Los recursos que ha recibido el Foro Consultivo se encuentran en la mira, ya que, por una parte, el Conacyt ha denunciado la comisión de supuestas irregularidades; por otra, la Fiscalía General ha presentado una acusación contra 31 investigadores por supuesta “delincuencia organizada, lavado de dinero, peculado y uso ilegal de atribuciones y facultades”. A la par, los miembros de esta asociación han denunciado ser víctimas de una persecución.
El Foro Consultivo Científico y Tecnológico (FCCyT) recibió 455 millones 384 mil 179.29 pesos desde 2003 hasta 2018, en los Gobiernos de Vicente Fox Quesada, Felipe Calderón Hinojosa y Enrique Peña Nieto, según ha reconocido la propia Asociación Civil, que por Ley accedía a estos recursos a través del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt), instancia con la que ahora mantiene una disputa legal.