Las actividades del Foro Consultivo, Científico y Tecnológico no sólo se limitaron a administraciones anteriores, ya que sus veredictos y verificaciones también fueron solicitadas para dos de los proyectos más importantes de la “Cuarta Transformación”: el Tren Maya y el Aeropuerto General Felipe Ángeles.
El Foro Consultivo, Científico y Tecnológico se ha involucrado en las dos principales obras del Gobierno de Andrés Manuel López Obrador: el Aeropuerto en la Base Aérea de Santa Lucía y el Tren Maya. Al primero, le dio el respaldo académico a días de que se llevará la consulta sobre su viabilidad; al segundo lo ha acompañado, mediante un convenio de colaboración, con actividades científicas, sociales y económicas.
Desde 2019, el Foro Consultivo ha respaldado la construcción del Tren Maya. El 10 de abril de ese año, Rogelio Jiménez Pons, Director General del Fondo Nacional de Fomento al Turismo (Fonatur) firmó un convenio con esta organización “para llevar a cabo de manera conjunta reuniones que generen encuentros y consensos en torno a los temas primordiales del Tren Maya”.