El colectivo Mujeres haciendo la Defensa del Territorio-Cuerpo-Tierra señaló que el Tren Maya recuerda el despojo y las violencias que vivió el pueblo maya «a partir de la imposición para la pacificación» en Noh kaj Santa Cruz Balam Naj Kampokolche, a través de «las mismas formas que en ese entonces utilizaba el gobierno federal que encabezaba Porfirio Díaz, que fue el uso de la fuerza de los militares».
Las mujeres defensoras manifestaron su preocupación frente a que el gobierno de Andrés Manuel López Obrador continúe el megaproyecto del tren a pesar de que los múltiples cambios de las rutas «sólo dejan ver los pocos estudios realizados».