La Asamblea de Defensores del Territorio Maya Múuch' Xíinbal acusó que con argumentos ilegales e injustificados, el Tribunal Colegiado de Circuito en Materias del Trabajo y Administrativa quitó las suspensiones impuestas al Tren Maya, que protegían a la flora y fauna de Yucatán, aun cuando ya las había confirmado.
Esta organización inició en enero del 2021 un juicio de amparo contra el Tren Maya por las violaciones al derecho al medio ambiente sano y a sus derechos como pueblo maya originario a participar en las determinaciones que pueden afectar su territorio y recursos naturales.