El Tren Maya no cuenta con una Manifestación de Impacto Ambiental (MIA) integral de los siete tramos que lo componen, reconoció el Fondo Nacional de Fomento al Turismo (Fonatur).
En respuesta a una solicitud de información sobre la MIA del megaproyecto, Fonatur señaló que no existía el estudio porque «la naturaleza misma del proyecto no lo permite, ya que la estructura del proyecto se divide en tramos». Sin embargo, no todos los tramos del Tren Maya cuentan con MIA.