En su vida, el padre Marcelo Pérez ha sido perseguido en varias ocasiones. Por las amenazas de los paramilitares que perpetraron la masacre de Acteal, tuvo que abandonar la parroquia de San Pedro Chenalhó, Chiapas. Por las presiones de Juan y Ramiro Gómez, dos expresidentes municipales que según el sacerdote se beneficiaban de tráficos ilegales, tuvo que dejar Simojovel. “Ya llevábamos tres peregrinaciones en contra de la violencia en el municipio y es cuando reaccionan los Gómez y contratan personas. Le dan precio a mi vida: de 100 a 150 mil pesos”, recordaba entonces en entrevista.
Ahora, quien da caza al cura tzotzil es la Fiscalía General de Chiapas, que emitió una orden de aprehensión en su contra por la desaparición de 19 personas en Pantelhó, aunque familiares hablan de hasta 21 personas retenidas.