El informe de la Comisión de la Verdad revela que detrás de la impunidad en el caso Ayotzinapa está la actuación del Poder Judicial de la Federación, en especial de seis jueces, un juzgado de distrito y una magistrada. Éstos son responsables de liberar a presuntos autores del crimen de Estado, no validar pruebas sobre la desaparición forzada de los 43 normalistas rurales, destruir las evidencias, e incluso interpretar la ley en perjuicio de las víctimas. Asimismo, revela que la PGR –hoy FGR– ha entorpecido sus propias investigaciones, además de que sus funcionarios asesinaron a mansalva, en 2021, al testigo clave Juan Salgado Guzmán
La maquinación de la impunidad en el crimen de Estado de Ayotzinapa incluye la participación activa de seis jueces, un juzgado y una magistrada, quienes han posibilitado que los responsables de violaciones graves a derechos humanos sigan en libertad. De éstos, destaca el caso del juez Samuel Ventura Ramos, del Juzgado Primero de Distrito de Procesos Penales Federales en Tamaulipas, quien “liberó a 77 presuntos responsables de la desaparición por haber sido torturados por distintas autoridades, sin dar vista al Ministerio Público, ni señalar e investigar a quienes realizaron la tortura”.