Para la evaluación del proyecto, el Instituto de Ingeniería de la UNAM estableció un Sistema Ambiental Regional (SAR) en los que tomaron en cuenta las elementos naturales y físicos para identificar las zonas de importancia ecológica y funcional del entorno natural y sus relaciones con la actividad humana.
El Fondo Nacional de Fomento al Turismo (Fonatur) aseguró que el Tramo 6 del Tren Maya, que va de Tulum a Chetumal, en Quintana Roo, es “viable ambientalmente”, puesto que cumple la legislación mexicana y tratados internacionales en materia de medio ambiente.
De acuerdo con el comunicado emitido por la dependencia, el Instituto de Ingeniería de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) destacó que el Tren Maya “cumple lo establecido en la legislación ambiental, sus reglamentos, normas oficiales mexicanas y en los tratados y convenios internacionales en la materia”.