Alejandro Encinas Rodríguez, presidente de la Comisión para la Verdad y Acceso a la Justicia del Caso Ayotzinapa (CoVAJ), reveló el pasado mes de agosto que miembros del Ejército mexicano, al mando del entonces Coronel José Rodríguez Pérez, asesinaron y desaparecieron a seis de los 43 normalistas, por ello, se giraron cuatro órdenes de aprehensión contra militares. Hasta el momento sólo se han cumplimentado tres de ellas.
Un Juez federal dictó auto de formal prisión contra el General José Rodríguez Pérez y dos militares más, los cuales se encuentran actualmente detenidos en la cárcel del Campo Militar 1-A. Al primero de ellos fue por su presunta participación en el delito de delincuencia organizada en su modalidad de delitos contra la salud, mientras que a los otros dos fue también por la desaparición forzada de los 43 estudiantes normalistas de Ayotzinapa.