Mediante una serie de cartas al presidente Andrés Manuel López Obrador, el general Luis Crescencio Sandoval ha tratado de influir en el desarrollo de las investigaciones oficiales sobre la desaparición forzada de los 43 normalistas de Ayotzinapa; en una descalificó una recomendación de la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH) que buscaba investigar a soldados del 27º Batallón de Infantería, y en otra defendió al capitán José Martínez Crespo, detenido por su presunta vinculación con el grupo Guerreros Unidos.
Entre los millones de documentos de la Sedena que fueron extraídos por el colectivo de hacktivistas Guacamaya y que Proceso pudo consultar, destaca una carta fechada el 18 de enero de 2021, en la cual Sandoval planteó a López Obrador que el capitán “negó su participación en los eventos realizados por un grupo de la delincuencia organizada en contra de los 43 estudiantes”, y le dijo que “el proceso que se le sigue está basado únicamente en dos referencias”.