El informe final de la Comisión para la Verdad del Caso Ayotzinapa está en sintonía con la posterior actuación de la FGR y de la Presidencia de la República: excluye de la investigación a una presunta red de militares que, según denuncias y testimonios ministeriales, participaron en distintos grados en los hechos que resultaron en la desaparición de los estudiantes.
El Informe de la Presidencia de la Comisión para la Verdad y el Acceso a la Justicia del Caso Ayotzinapa (Covaj), que el subsecretario de Derechos Humanos de la Secretaría de Gobernación, Alejandro Encinas Rodríguez, dio a conocer el 18 de agosto, omite la actuación de los integrantes de las Fuerzas Armadas durante la noche de Iguala. Se limita, en unas cuantas líneas, a lo ya sabido: que el Ejército tenía infiltrado al soldado Julio César López Patolzin.
Fuera del documento, una semana después acusó al excomandante del 27 Batallón de Infantería, José Rodríguez Pérez, de ordenar el asesinato y desaparición de seis normalistas. Encinas exime a cualquier otro mando.