En sus informes 2019 y 2021, la Auditoría Superior de la Federación (ASF) determinó que la Comisión Nacional de Búsqueda (CNB) no cuenta con mecanismos para verificar y detectar riesgos en el uso de los recursos que transfiere a las comisiones de búsqueda locales; además, documentó la devolución de más de 120 millones de pesos de manera injustificada por parte de dichos organismos durante el año pasado.
En 2019, primer año en el que se distribuyeron más de 240 millones de pesos entre 20 comisiones estatales, el órgano fiscalizador auditó los recursos destinados al programa U008 “Subsidios para las Acciones de Búsqueda de Personas Desaparecidas y No Localizadas”, y concluyó que la CNB no tuvo mecanismos de supervisión para verificar que a los recursos transferidos a las comisiones estatales se les diera uso y destino para acciones de búsqueda de personas.