Organizaciones no gubernamentales acusaron, el 23 de agosto de 2023, al general en retiro, Rafael Hernández Nieto, ex comandante del 41 Batallón de Infantería, de Iguala de la Independencia, de recibir “tratamiento preferencial”, para afrontar fuera de prisión su proceso judicial relacionado con la desaparición de los 43 estudiantes de la Normal Rural Raúl Isidro Burgos de Ayotzinapa, ocurrida el 26 de septiembre de 2014.
La titular del Juzgado Segundo de Distrito en Procesos Penales Federales del Estado de México, con sede en Toluca, giró, el 13 de junio de 2023, órdenes de aprehensión contra 16 militares presuntamente implicados en el caso Ayotzinapa, nueve meses después de que la Fiscalía General de la República (FGR) había pedido cancelarlas.