José Luis Abarca Velázquez cuenta con causas penales por homicidio y delincuencia organizada. En el informe de la Comisión para la Verdad y Acceso a la Justicia del caso Ayotzinapa el expresidente municipal fue identificado como “A1”, quien junto a los dirigentes del grupo criminal Guerreros Unidos “en coalición con algunas otras autoridades”, dio la orden de desaparecer a los normalistas la noche del 26 de septiembre de 2014.
Dos magistrados del Tribunal Colegiado en Materia Penal en el Estado de México han sido acusados de favorecer a José Luis Abarca Velázquez, con una sentencia emitida en noviembre pasado para que se diera una medida cautelar distinta a la prisión preventiva oficiosa que le fue girada al exacalde de Iguala, implicado en la desaparición de los 43 normalistas de Ayotzinapa.