Debido a las condiciones de disminución de lluvias en la cuenca de dicho sistema, se han presentado a lo largo de los últimos 3 años acuerdos conjuntos con el Sistema de Aguas de la ciudad de México (Sacmex) y la Secretaria del Agua del Estado de México, para optimizar los caudales que entregan agua al sistema.
La Comisión Nacional del Agua (Conagua) anunció que, en medio de la reducción de abasto de agua en el Sistema Cutzamala a la Ciudad de México y área Metropolitana, llevará a cabo obras en conjunto con otras entidades que permitirán aportar caudal complementario para satisfacer las necesidades de la población.