Fue uno de los responsables del costoso rescate bancario (Fobaproa) puesto en marcha por Zedillo, en las que hizo públicas las deudas de los grandes magnates mexicanos, y que a la fecha se siguen pagando con recursos públicos.
La Audiencia Nacional acordó el ingreso a prisión sin fianza de Eduardo Fernández García, expresidente de la Comisión Nacional del Mercado de Valores en la época de Ernesto Zedillo, a la espera de que la justicia mexicana formalice la solicitud de extradición para que enfrente el presunto delito de extorsión agravada en grado de tentativa.
México tiene 40 días para formalizar la reclamación de extradición, después de que el ex alto ejecutivo de la CNBV se opuso a su extradición voluntaria.