El segmento más frágil de todo el trazado del Tren Maya corresponde al Tramo 5 Sur, de acuerdo con la comunidad científica y con la Manifestación de Impacto Ambiental.
El ingeniero Víctor Hugo Martínez Rendón duró un año como coordinador de obras del Tramo 5 del Tren Maya. Renunció en enero de 2022, al considerar técnicamente inviable y ambientalmente insostenible la decisión de mover el trazado de la parte sur de este tramo, que va de Playa del Carmen a Tulum, desde el camellón central de la carretera federal 307 a la selva. Expuso su análisis en una carta a la Presidencia de la República y fue también recibido en Palacio Nacional, pero fue ignorado.
Unos meses después, en abril de 2022, los ejidatarios de Jacinto Pat, municipio de Tulum, lo invitaron a una reunión donde el gobierno presentó la Manifestación de Impacto Ambiental (MIA) del nuevo trazado del Tramo 5 Sur: ahora iba a pasar por sus tierras, que se encuentran arriba de un denso sistema de cenotes y cuevas subacuáticas cuyos techos son extremadamente frágiles.