Según el informe de la Comisión para la Verdad del caso Ayotzinapa, el general Rodríguez presumiblemente mandó matar a los seis normalistas que quedaban con vida el 30 de septiembre del 2014.
Un juez concedió la libertad condicional al general José Rodríguez Pérez, acusado de delincuencia organizada y presuntamente ligado a la desaparición de los 43 estudiantes normalistas de Ayotzinapa en septiembre de 2015. Se trata del general de mayor rango que es procesado en el caso.
El general Rodríguez, quien permaneció dos años en prisión, deberá pagar una fianza de 50,000 pesos y comparecer para firmar cada 15 días.